独立学園は、全寮制です。そのため寮生活の指導には、学校全体で力を入れています。寮という共同生活では、一つ一つのことに意識と自覚を持って、自分でできることは自分で行い、周りの人のことも常に考えながら生活することが求められます。本校では、そのような生活を通して独立の精神を学び養うことに重点を置いています。また、毎朝・夕の礼拝を通し、自然と親しみ労働をする中で、あるいは友人との交わりの中から、神様の前に謙虚に真実に生きることを大切にしています。そして、卒業後も聖書の教えに従って生き、質素で高尚なものを求める者となれることを願っています。
 一日の生活の流れはおよそ下の表の通りです。 
時間   説明
06:00-07:00 朝作業 各寮の掃除などの作業の他、担当者は炊事、園芸、畜産などの作業をします。
07:05-07:30 朝食
08:35-08:55 朝拝 礼拝から一日の学校生活が始まります。司会は生徒・職員の全員が当番制で担当し、感話を述べます。
09:00-12:35 午前の授業
12:35-13:00 昼食 昼食は炊事担当職員がつくります。
13:30-15:05 午後の授業
16:00-17:30 夕作業 週に3日、作業をします。
18:05-18:30 夕食
夕食後 夕拝 司会は生徒・職員の全員が当番制で担当し、感話を述べます。
19:30-21:30 沈黙の時間 一人静かに勉強する時間です。
22:00 消灯
日曜日は朝9時から日曜礼拝があります。

礼拝について
 学校生活においては朝拝、寮生活においては夕拝と日曜礼拝があります。それぞれを非常に大切なものとして守っています。ここで生活する者はこれらを軽んじることはしません。

寮での生活
 朝は、起床時間は午前6時ですが、5時から自由に起床できます。6時までの間に、学習、洗濯などをすることができます。入浴は週4回となっています。洗濯は、早朝や夕方に洗濯機を使わずに自分で行います。午後10時に消灯となりますが11時まではスタンドをつけて勉強することが出来ます。
 朝拝、夕拝は、職員生徒が順番で担当します。共に聖書を読み、讃美歌を歌い、祈り、担当者が舎生日誌に記した感話を読みます。
「沈黙時間」は自室または決められた学校内の教室で一人静かに勉強する時間です。この時間は大切なものとして守っています。

寮の決まり
 共同生活ですから守らなければならないルールはあります。特に基本的なものを記 します。
服装 流行にとらわれることなく、できるだけ地味で落ち着いたものを着用します。
持ち物 「質素倹約」を原則としています。ラジオ類、楽器などは許可制になっています。(なおアンプを通してのエレキギターの演奏はしないことにしています。)
ノーブル(高尚)なものを求めるためマンガ、低俗な雑誌は禁止しています。
その他 制服 学校で決めた制服はありませんが、学校の公式行事の時と、日曜礼拝の時 にはそれにふさわしい服装(中学の時の制服でも構いません。これを正服とも 言っています。)を着用します。
頭髪 質素、清潔をモットーとし、生活に支障がないように考えた上で、他人に不快感を与えないように自己管理します。女子は肩まで伸びるとゴムでとめます。男女ともパーマ、ブロー、ドライヤ類、整髪料は使用しないことにしています。また、脱色や染色剤の使用も認めておりません。
その他 規則ではありませんが、環境と人体に害のある合成洗剤、歯みがき、シャンプーなどはなるべく使わないようにしています。

食事
  職員と寮生が一緒に食堂でいただきます。健康で安全な食生活をめざし、学園内の畑や近くの農家で作られた米、無農薬の野菜、卵、牛乳などを多く用い、なるべく食品添加物を含まないものを食べるようにしています。ぜいたくなものは食卓に上がりませんが、栄養のバランスには十分配慮しています。

施設
  男子寮1棟(新まこと寮)と女子寮2棟(コスモス寮、新平和寮)があります。
原則として2人一部屋で生活をし、他学年の生徒と同室になります。居室はおよそ六畳の広さの部屋に二段ベットがあり、机、イスは備えられています。
 年に3回部屋替えがあり同室者が変わります。

寮作業
  週3回の放課後作業が中心になります。園芸、畜産、環境整備、炊事などがあります。そのほかに、朝食前の清掃、園芸、畜産、また、食事の配膳、食器洗いなども当番制で行います。
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